Sul [[matroneo]] della parete di fondo della basilica pelagiana si trova l'[[organo a canne]], costruito nel [[1958]] dai [[fratelli Ruffatti]] in sostituzione dell'organo precedente, costruito nel [[1860]] dalla famiglia Priori e distrutto durante il [[bombardamento di Roma|bombardamento]] del 19 luglio [[1943]]. Nel [[1981]], lo strumento è stato revisionato dall'[[organaro]] [[Alvaro Vercelli]] che, fra le altre cose, ha spostato la [[consolle (organo)|consolle]] dal matroneo al [[presbiterio]] e ha sostituito il registro ''Gamba 8<nowiki>'</nowiki>'' del Grand'Organo (prima tastiera) con il registro di ''XIX 1.1/3<nowiki>'</nowiki>'' e il registro ''Salicionale 8<nowiki>'</nowiki>'' con il registro di ''Piccolo 1<nowiki>'</nowiki>''. Nel [[1992]], poi, la consolle è stata riportata nella sua sede originaria, al centro del matroneo. Attualmente ([[2012]]), l'organo è a [[sistema di trasmissione (organo)|trasmissione elettrica]] ed ha due tastiere di 61 note ciascuna ed una [[pedaliera|pedaliera concavo-radiale]] di 32. La sua disposizione fonica è la seguente:
