Secondo alcune fonti storiche la fondazione della chiesa, situata nella frazione di Ruta e intitolata all'[[arcangelo Michele]], potrebbe essere risalente al [[V secolo]]. La prima citazione documentata è redatta in un antico testamento del 3 aprile [[1192]] nel quale vengono rilasciati alla chiesa la somma di cinque soldi. Fino al [[1414]] le notizie sulla proprietà ecclesiastica sono al quanto sporadiche e solo un atto del pontefice [[Gregorio IX]], del 13 maggio [[1239]], attesta che la chiesa fu dotata di [[Capitolo (cristianesimo)|capitolo]] di canonici.
A partire dal 1414 la comunità religiosa fu unita alla vicina [[Chiesa di San Lorenzo (Santa Margherita Ligure)|chiesa di san Lorenzo]] presso la frazione di [[San Lorenzo della Costa]], anticamente compresa nella [[Pieve di Santo Stefano (Rapallo)|pieve di Rapallo]] e oggi nel territorio comunale di [[Santa Margherita Ligure]]. Dal [[1434]] fino al [[1578]] fu invece aggregata alla [[Basilica di Santa Maria Assunta (Camogli)|pieve di santa Maria di Camogli]], salvo per un periodo dal [[1468]] al [[1471]] dove la chiesa ritornò indipendente. Il 19 dicembre del [[1578]] le due comunità religiose assunsero separate autonomie parrocchiali.
Durante l'occupazione dell'esercito [[FranciaPrimo Impero francese|esercito francese]][[napoleonico]], nel febbraio del [[1800]], la chiesa fu occupata e incendiata dalle truppe d'oltralpe comandate dal generale [[Andrea Massena]]; l'edificio negli anni a seguire fu in seguito adibito come fienile e stalla. Quasi ridotto in rovina, all'inizio del [[XX secolo]] furono commissionati nuovi lavori di restauro e ripristino ad opera dell'arciprete Francesco Gazzolo e mediante l'intervento degli architetti [[Marco Crotta]] e [[Alfredo d'Andrade]]; i lavori furono ultimati nel [[1906]].
Nuovi lavori furono necessari dopo la [[seconda guerra mondiale]], nel [[1950]], e negli stessi anni fu ricostruita la cuspide sulla torre campanaria, quest'ultimo eretto nel [[XIV secolo]]. Originariamente la chiesa fu ad unica navata, la costruzione della seconda è risalente al [[XV secolo]] mentre l'abside è stato aggiunto nel [[XIII secolo]].
