Alla morte dell'imperatore Costante la basilica si trovò ben presto coinvolta nelle dispute tra gli [[arianesimo|Ariani]], sostenuti dal nuovo imperatore [[Costanzo II]], e i seguaci dell'ortodossia.
Nel [[355]] Costanzo, nel vano tentativo di far accettare le visione ariana del cristianesimo da lui tenacemente sostenuta, indisse infatti il [[Concilio di Milano (355)|Concilioconcilio di Milano]], convocato presso la ''Basilica Maior''. Vi partecipavano tra gli altri, oltre al vescovo milanese [[Dionisio di Milano|Dionisio]], anche [[Atanasio di Alessandria]], campione dell'ortodossia, ed [[Eusebio di Nicomedia]], campione dell'arianesimo. L'imperatore, come già avvenuto nel precedente [[Concili di Arles|Concilio di Arles]] (353), inviò all'assemblea una lettera contenente le dichiarazioni ariane che si aspettava fossero controfirmate dai vescovi, i quali però ancora una volta le rigettarono<ref>R.P.C. Hanson, The Search for the Christian Doctrine of God: The Arian Controversy, 318-381, (in inglese) Continuum International Publishing Group, 2005. ISBN 0-567-03092-X</ref>, spingendo Costanzo ad esiliare, oltre ad Atanasio, anche il milanese Dionisio. L'Imperatore insediò quindi nella ''Basilica Nova'' come vescovo l'ariano [[Aussenzio di Milano|Aussenzio]].<br />
[[File:Basilica di Santa Tecla Milano 3.jpg|thumb|Resti di affreschi della basilica di Santa Tecla]]
