I topoisomeri, o isomeri topologici, sono molecole che possiedono la medesima formula chimica e connettività dei legami ma differenti topologie.

Esempi di molecole per le quali esistono topoisomeri includono il DNA, che può formare nodi, e i catenani. I topoisomeri del DNA possono essere intercambiati da enzimi chiamati topoisomerasi.

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