La distanza genetica è la misura della differenza del materiale genetico tra distinte specie o individui della stessa specie.

Tutta la vita attuale è basata sulla cosiddetta "molecola dell'eredità", il DNA (acido desossiribonucleico). Le molecole di DNA sono una doppia elica, simile a una scala a chiocciola (spirale), i cui fianchi sono costituiti da un'alternanza di desossiribosio di 5 carboni e un gruppo fosfato, mentre i "gradini" della spirale sono basi azotate di due tipi: purine azotate pirimidina. Queste basi sono la adenina (A), sempre accoppiata con la timina (T), e la guanina (G), sempre appaiata alla citosina (C). Questa è la sequenza delle basi nell'elica, (per esempio, ATTTCGCCAAG) la quale è copiata e trasposta ai discendenti durante la riproduzione cellulare.

Confrontando la percentuale della differenza tra gli stessi geni di differenti specie, può ottenersi una misura numerica della "distanza genetica". Dipendendo dalla differenza, e correggendo questa tramite tassi conosciuti di evoluzione, la distanza genetica può essere usata come uno strumento per costruire cladogrammi che mostrino l'albero genealogico di tutti gli esseri viventi.

Così, il fatto che la distanza genetica tra gli scimpanzé e gli esseri umani è di solo l'1,6% (vale a dire, vi è circa il 98,4% di similitudine), suggerisce che gli esseri umani e gli scimpanzé condividano un antenato comune da circa 5 milioni di anni, e che entrambe le specie sono più strettamente relazionate fra loro che con i gorilla o gli orangutan (i quali si differenziarono rispettivamente circa 9 milioni e 12 milioni di anni fa).

Esistono vari metodi differenti per definire la distanza genetica. Una forma di misurazione è data dalla formula D=−log(In). La quantità In rappresenta l'"identità genetica" o la "similarità genetica", e definita come In=ΣI÷#loci, dove I=(Σ Pix•Piy)÷[(ΣPix²)·(ΣPiy²)]½. Pix è la proporzione di alleli i in una popolazione X, Piy è il rapporto di alleli i in una popolazione Y.

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