Nel 2009, con la riorganizzazione dei dipartimenti regionali, passa dalle dipendenze dell'Assessorato regionale dell'Agricoltura e delle foreste e quello del Territorio e ambiente, divenendo Dipartimento autonomo, con a capo un dirigente generale.
Il corpo non è stato ricompreso nella soppressione del Corpo Forestale dello Stato, avvenuta il 31 dicembre 2016.
Dal 2018 si sono affiancati nell'isola reparti dei [[Carabinieri forestali]], che collaborano con il Corpo Forestale della Regione Siciliana, con tre [[Centri Anticrimine Natura]] (Palermo, Catania, Agrigento)<ref>[https://www.carabinieri.it/chi-siamo/oggi/organizzazione/tutela-forestale-ambientale-e-agroalimentare Comando unità forestali, ambientali e agroalimentari]</ref>, un reparto per la Tutela ambientale (Palermo), due Nuclei operativi ecologici (Palermo, Catania), un reparto Tutela agroalimentare (Messina), e i [[servizio CITES|nuclei Cites]] negli aeroporti di Palermo, Catania e Trapani.
