SARS-CoV-2: differenze tra le versioni
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La proteina S può essere divisa in due subunità S1 e S2, la subunità S1 contiene il dominio di unione al recettore (DUR) ed è responsabile dell'attacco iniziale del virus alla cellula, tramite unione S1-recettore cellulare, mentre la subunità S2 è responsabile della fusione nella membrana cellulare per l'inserimento del RNA virale all'interno. Nei virus maturi la proteina S è presente come un trimero a forma di fungo con un DUR localizzato su ognuna delle tre subunità S1 che fanno da testa poggiando su uno stelo molto flessibile<ref name="science.sciencemag.org">{{Cita pubblicazione|nome=Beata|cognome=Turoňová|nome2=Mateusz|cognome2=Sikora|nome3=Christoph|cognome3=Schürmann|data=18 agosto 2020|titolo=In situ structural analysis of SARS-CoV-2 spike reveals flexibility mediated by three hinges|rivista=Science|lingua=en|accesso=27 agosto 2020|doi=10.1126/science.abd5223|url=https://science.sciencemag.org/content/early/2020/08/17/science.abd5223}}</ref> composto dalle subunità S2. Le proteine S appaiono distribuite aleatoriamente sulla superficie virale.<ref name="science.sciencemag.org"/> I DUR cambiano continuamente tra posizione alzata e sdraiata. A differenza della proteina S del SARS-CoV in cui i DUR sono preferibilmente in posizione alzata<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Yuan|cognome=Yuan|nome2=Duanfang|cognome2=Cao|nome3=Yanfang|cognome3=Zhang|data=10 aprile 2017|titolo=Cryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains|rivista=Nature Communications|volume=8|numero=1|pp=15092|lingua=en|accesso=14 settembre 2020|doi=10.1038/ncomms15092|url=https://www.nature.com/articles/ncomms15092}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|nome=Miao|cognome=Gui|nome2=Wenfei|cognome2=Song|nome3=Haixia|cognome3=Zhou|data=23 dicembre 2016|titolo=Cryo-electron microscopy structures of the SARS-CoV spike glycoprotein reveal a prerequisite conformational state for receptor binding|rivista=Cell Research|volume=27|numero=1|pp=119–129|accesso=27 agosto 2020|doi=10.1038/cr.2016.152|url=http://dx.doi.org/10.1038/cr.2016.152}}</ref>, la proteina S del SARS-CoV-2 mantiene prevalentemente i DUR in posizione sdraiata.<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Alexandra C.|cognome=Walls|nome2=Young-Jun|cognome2=Park|nome3=M. Alejandra|cognome3=Tortorici|data=2020-04|titolo=Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein|rivista=Cell|volume=181|numero=2|pp=281–292.e6|accesso=27 agosto 2020|doi=10.1016/j.cell.2020.02.058|url=http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058}}</ref><ref>{{Cita pubblicazione|nome=Daniel|cognome=Wrapp|nome2=Nianshuang|cognome2=Wang|nome3=Kizzmekia S.|cognome3=Corbett|data=19 febbraio 2020|titolo=Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation|rivista=Science|volume=367|numero=6483|pp=1260–1263|accesso=27 agosto 2020|doi=10.1126/science.abb2507|url=http://dx.doi.org/10.1126/science.abb2507}}</ref> Questo spiega il fatto che nonostante il DUR del SARS-CoV-2 mostri maggiore affinità per l'ACE, la sua minore accessibilità fa risultare una affinità d'unione SARS-CoV-2-ACE comparabile o minore dell'affinità SARS-CoV-ACE. Ma questa caratteristica di avere un DUR più nascosto rende più facile l'evasione dall'immunosorveglianza dell'organismo ospite.<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Jian|cognome=Shang|nome2=Yushun|cognome2=Wan|nome3=Chuming|cognome3=Luo|data=26 maggio 2020|titolo=Cell entry mechanisms of SARS-CoV-2|rivista=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=117|numero=21|pp=11727–11734|accesso=27 agosto 2020|doi=10.1073/pnas.2003138117|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7260975/}}</ref>
Una variante della proteina S originale di Wuhan, nota come D614G già individuata nei primi mesi del 2020 ha iniziato a prendere piede in Europa per poi diffondersi sucessivamente in [[Nord America]], [[Oceania]] e [[Asia]] per diventare progressivamente a partire da marzo la più diffusa al mondo<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Bette|cognome=Korber|nome2=Will M.|cognome2=Fischer|nome3=Sandrasegaram|cognome3=Gnanakaran|data=2020-08-20|titolo=Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus|rivista=Cell|volume=182|numero=4|pp=812–827.e19|lingua=English|accesso=2020-11-24|doi=10.1016/j.cell.2020.06.043|url=https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(20)30820-5}}</ref>. Tale mutazione derivata da una [[Mutazione genetica|mutazione missenso]] nel gene codificante la proteina S, risultante nel cambio di un amminoacido [[aspartato ]] a una [[glicina]] nella posizine 614<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Sandra|cognome=Isabel|nome2=Lucía|cognome2=Graña-Miraglia|nome3=Jahir M.|cognome3=Gutierrez|data=2020-08-20|titolo=Evolutionary and structural analyses of SARS-CoV-2 D614G spike protein mutation now documented worldwide|rivista=Scientific Reports|volume=10|numero=1|pp=14031|lingua=en|accesso=2020-11-24|doi=10.1038/s41598-020-70827-z|url=https://www.nature.com/articles/s41598-020-70827-z}}</ref>. La prevalsa sul ceppo iniziale è stata spiegata nonostante la variante D614G presenti una morfologia e capacità neutralizzante simile alla variante di Wuhan, ha mostrato in esperimenti animali una aumentata velocità di trasmissione pur mantenendo una simile carica virale e grado di malattia causata<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Yixuan J.|cognome=Hou|nome2=Shiho|cognome2=Chiba|nome3=Peter|cognome3=Halfmann|data=2020-11-12|titolo=SARS-CoV-2 D614G variant exhibits efficient replication ex vivo and transmission in vivo|rivista=Science|lingua=en|accesso=2020-11-24|doi=10.1126/science.abe8499|url=https://science.sciencemag.org/content/early/2020/11/11/science.abe8499}}</ref>.La variante D614G oltre al cambio nella posizione 614 è accompagnata nella maggiorparte dei casi da altre 3 mutazioni ed è stata considerata dall'agosto 2020 la forma mondiale dominante<ref>{{Cita pubblicazione|nome=Bette|cognome=Korber|nome2=Will M.|cognome2=Fischer|nome3=Sandrasegaram|cognome3=Gnanakaran|data=2020-08-20|titolo=Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus|rivista=Cell|volume=182|numero=4|pp=812–827.e19|lingua=English|accesso=2020-11-24|doi=10.1016/j.cell.2020.06.043|url=https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(20)30820-5}}</ref>.
=== Persistenza del virus ===
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