Per ''Neon Genesis Evangelion: The End of Evangelion'' furono chiamati tutti i doppiatori della serie animata originale, eccezion fatta alcuni personaggi esclusi in fase di scrittura dalla sceneggiatura, come Tōji Suzuhara e Kensuke Aida<ref>{{cita pubblicazione|titolo=Animedia|editore=Gakken|lingua=ja|data=ottobre 1997|capitolo=EVA新生!!}}</ref>. Dopo l'ultima sessione di doppiaggio prevista Hideaki Anno chiese a tutti iai membri del cast di rifare il film interamente da capo. I doppiatori rifecero quasi tutte le scene, con istruzioni precise e dettagliate dello stesso regista<ref name="Seiyuu">{{Cita |Gainax |声ノ出演}}.</ref>. Anno in particolare chiese a tutti i membri del cast di recitare proprio come un film dal vivo, distaccandosi il più possibile dai tipici doppiaggi di prodotti d'animazione. Per questioni di tempistiche di produzione, inoltre, lo staff decise di adottare in toto il sistema del doppiaggio a posteriori, senza ''prescoring'' e senza registrare prima che i disegni fossero prodotti. Nei punti in cui Anno volle concentrarsi sui dialoghi ed enfatizzare la recitazione del doppiatore, egli decise di puntare la telecamera di spalle, lasciando i personaggi fuori campo o in campo lungo, così da evitare che le espressioni del viso o il labiale condizionassero troppo i doppiatori<ref>{{Cita |Dynit |pp. 27-28}}.</ref>. Per l'occasione anche le scene di ''Air'' già presenti in ''Rebirth'' vennero doppiate nuovamente<ref>{{Cita |Newtype Complete |pp. 100-101}}.</ref>.
