Il minuscolo chiostro è a pianta mistilinea derivata da un ottagono: gli ambienti si suddividono su due ordini di loggiati. Quello inferiore è composto da [[Serliana|serliane]], che diventano convesse agli angoli, mentre quello superiore, ornato da semplici colonne, è abbellito da una balaustra, con eleganti pilastrini triangolari dritti e rovesci, realizzata nel 1644. In questo modo, con grande raffinatezza nelle linee, Borromini riesce a dare, come poi nella chiesa, un ssenso di accoglienza, togliendo la sensazione di oppressione che deriverebbe dalle esigue dimensioni dell'ambiente. Il tema dell'ottagono è presente anche nei capitelli del secondo ordine di colonne e nella vera del pozzo che completa la visione del chiostro.
