Durante la guerra Messerschmitt divenne il principale progettista, dell'aviazione militare; i suoi [[Messerschmitt Bf 109|Bf 109]] e [[Messerschmitt Bf 110|Bf 110]] costituirono la granmaggior parte della caccia tedesca della prima parte della guerra. Diversi altri progetti vennero industrializzati, incluso l'enorme aliante da trasporto [[Messerschmitt Me 321|Me 321]] ''Gigant'' e la sua variante a sei motori: ill' [[Messerschmitt Me 323|Me 323]]. Comunque nella seconda metà della guerra, Messerschmitt si convertì pressoché interamente ai progetti di aerei [[motore a getto|a reazione]], realizzando il primo caccia a reazione al mondo: il [[Messerschmitt Me 262|Me 262]] ''Schwalbe'' ("Rondone").
Messerschmitt produsse anche il DFS denominato [[Messerschmitt Me 163 Komet|Me 163]] ''Komet'', ossia il primo, ed unico, aereo dotato di [[motore a razzo]] ad entrare in servizio.
Anche Messerschmitt ebbe però i suoi insuccessi; il [[Messerschmitt Me 210|Me 210]], progettato come il successore del 110, fu un disastro così grande che portò quasi al fallimento della società. Difetti di progettazione ne ebbecaratterizzarono anche il [[Messerschmitt Me 410 Hornisse]], ma solo un piccolo numero venne prodotto prima che tutta l'attenzione si concentrasse sulsull'innovativo Me 262. Successivamente durante la guerra, Messerschmitt lavorò su un progetto di "Amerikabomber" pesante, il [[Messerschmitt Me 264|Me 264]], che volò come prototipo ormai troppo tardi per partecipare alle operazioni.
