Ci sono regioni del genoma conosciute con il nome di [[Isola CpG|Isole CpG]] che hannopresentano un'alta concentrazione di siti CpG. Molti geni nei mammiferi hanno queste sequenze associate alle regioni del [[Promotore (biologia)|promotore]].<ref>{{cite book |title=Genetics: Analysis of Genes and Genomes |author=Hartl DL, Jones EW |page=477 |edition=6 |year=2005 |publisher=Jones & Bartlett, Canada |location=Missisauga |isbn=0-7637-1511-5}}</ref> In virtù di questo la presenza di isole CpG può aiutare nel lavoro di predizione e ricerca di geni.
