[[Edvard Beneš]], leader del [[governo cecoslovacco in esilio]], insieme a [[František Moravec]], capo dell'intelligence militare cecoslovacca, organizzarono e coordinarono una rete di resistenza. Hácha, il [[PrimoPrimi Ministroministri della Cecoslovacchia|Primo Ministroministro]] Eliáš, e la resistenza ceca, riconobbero la leadership di Beneš. Durante gli anni di guerra, fu mantenuta la collaborazione attiva tra [[Londra]] e la nazione cecoslovacca. Il più importante evento della resistenza fu l'assassinio di [[Reinhard Heydrich]] (capo delle [[Schutzstaffel|SS]], vice di [[Heinrich Himmler]] e protettore di Boemia e Moravia) durante l'[[Operazione Anthropoid]]. Infuriato, [[Adolf Hitler]] ordinò l'arresto e l'esecuzione di 10.000 cechi scelti a caso, ma, dopo alcune consultazioni, ridusse la sua vendetta.<ref>[http://www.da-vienna.ac.at/UserFiles/recent_lectures/heydrich%20da%20wien.pdf L'assassinio di Reinhard Heydrich]</ref> Più di 10.000 persone furono arrestate e circa 1.300 furono giustiziate. L'assassinio causò una delle repressioni più famose della guerra: i villaggi di [[Lidice]] e [[Ležáky]] furono completamente distrutti dai [[nazismo|nazisti]]; tutti gli uomini dei villaggi sopra i sedici anni furono uccisi e il resto della popolazione fu inviata ai [[campo di concentramento|campi di concentramento]] nazisti, dove molte donne e quasi tutti i bambini furono uccisi.
La resistenza ceca comprendeva quattro gruppi principali:
