L'origine del Thar è un argomento controverso. Alcuni ritengono che ciò sia avvenuto tra i 4.000 e i 10.000 anni fa, mentre altri affermano che l’ariditàl'aridità sia iniziata in questa regione molto prima. Un'altra teoria afferma che il processo di desertificazione sia relativamente recente: forse tra il 2.000 e il 1.500 a.C. Intorno a questo periodo il [[Ghaggar]] cessò di essere un grande fiume. Ora il fiume termina nel deserto. È stato osservato attraverso tecniche di telerilevamento (su dei paleo-canali) che cambiamenti climatici nel tardo [[Quaternario]] hanno svolto un ruolo significativo nel modificare la disponibilità d’acquad'acqua e la conformazione dei bacini idrografici della regione.
La maggior parte degli studi sostiene che il paleo-canale del [[Sarasvati#Origine e contesto nell'induismo|Sarasvati]] coincida con il letto dell’odiernodell'odierno [[Ghaggar]] e si crede che il [[Sutlej]] assieme allo [[Yamuna (fiume)|Yamuna]] una volta scorressero nel bacino del Ghaggar. Probabilmente il Sutlej costituiva il principale affluente del Ghaggar, e successivamente i movimenti tettonici potrebbero aver costretto il Sutlej a scorrere verso ovest, e lo Yamuna verso est, prosciugando di fatto il fiume Ghaggar.
