[[File:Gallarate staz ferr vecchio FV.jpg|thumb|Il fabbricato viaggiatori dismesso nel 1963]]
Il piazzale della stazione, gestita da [[Rete Ferroviaria Italiana]], è dotato di otto [[Binario (ferrovia)|binari]] passanti di cui cinque provvisti di banchine e collegati tra loro tramite un sottopassaggio:.
*il primo binario serve i treni diretti a [[Ferrovia Domodossola-Milano|Domodossola]], [[Ginevra]] e [[Basilea]].
*il secondo binario serve i treni provenienti da Domodossola/Luino e diretti a [[Stazione di Milano Centrale|Milano Centrale]] e [[Stazione di Milano Porta Garibaldi|Milano Porta Garibaldi]].
*il terzo è un binario passante facente da capolinea ai treni provenienti da [[Ferrovia Gallarate-Laveno|Luino]].
*il quarto binario è di servizio.
*il quinto binario è utilizzato soprattutto dai treni della [[Linea S5 (servizio ferroviario suburbano di Milano)|linea S5]] e dai [[Treno regionale (Italia)|treni regionali]] diretti a [[Stazione di Varese|Varese]].
*il sesto binario è utilizzato dai treni della [[Servizio ferroviario suburbano di Milano|linea S5]] e dai [[Treno regionale (Italia)|treni regionali]] provenienti da [[Varese]].
*il settimo e l'ottavo binario sono utilizzati dai treni merci diretti al [[terminal Hupac di Busto Arsizio]] e verso la [[Svizzera]] passando da [[Luino]] o da [[Domodossola]].
Poco oltre la stazione, in direzione Milano, sorge lo [[scalo merci]] e l'officina per la manutenzione dei rotabili, che risulta chiusa dal 1997.
