Lo scandalo scoppiò dopo un servizio di ''[[Striscia la Notizianotizia]]'' e un articolo pubblicato dal ''[[Corriere della Sera]]'', e ripreso dal settimanale ''[[Panorama (rivista)|Panorama]]'', che denunciavano furti e sprechi nell'ambito della missione, un'ampia [[inchiesta giornalistica]] pubblicata il 20 agosto 1999<ref>[http://newrassegna.camera.it/chiosco_new/pagweb/immagineFrame.asp?comeFrom=search¤tArticle=$JYA Missione Arcobaleno]</ref>. Ciò diede vita ad un'indagine guidata dall'allora [[pubblico ministero]] [[Michele Emiliano]], che portò al rinvio a giudizio di 19 delle 24 persone coinvolte nelle indagini<ref>[http://blog.panorama.it/italia/2007/11/05/missione-arcobaleno-otto-anni-dopo-arriva-lora-del-giudizio Missione Arcobaleno, otto anni dopo arriva l'ora del giudizio]</ref>.
