Le qualificazioni del doppio dello St. Petersburg Open 1999 sono state un torneo di tennis preliminare per accedere alla fase finale della manifestazione. I vincitori dell'ultimo turno sono entrati di diritto nel tabellone principale. In caso di ritiro di uno o più giocatori aventi diritto a questi sono subentrati i lucky loser, ossia i giocatori che hanno perso nell'ultimo turno ma che avevano una classifica più alta rispetto agli altri partecipanti che avevano comunque perso nel turno finale.
Le qualificazioni del doppio del torneo St. Petersburg Open 1999 prevedevano 4 coppie partecipanti di cui una è entrata nel tabellone principale.
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- w/o = Walkover
- r = Ritirato
- d = Squalificato
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Tennis
Álex Calatrava / 
Guillermo Cañas (primo turno)
Jan Apell / 
Lars Burgsmüller (ultimo turno).svg){kind=small}
Sébastien Grosjean
Álex Calatrava
Guillermo Cañas
Jan Apell
Lars Burgsmüller
Sergei Gainidinov