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La storia della crittografia pur avendo origini remote è, fino all'inizio del XX secolo, la storia della cosiddetta crittografia classica, vale a dire dei metodi di cifratura che utilizzavano la carta e la penna o, al massimo, semplici supporti meccanici; agli inizi del XX secolo l'invenzione di dispositivi meccanici ed elettromeccanici, come ad esempio la macchina Enigma a rotori, elevò a più sofisticati ed efficienti livelli la cifratura; la successiva introduzione dell'elettronica e dei computer ha permesso l'utilizzo di schemi di cifratura sempre più complessi, molti dei quali non ottenibili con carta e penna.
Lo sviluppo della crittografia è andato di pari passo con lo sviluppo della crittoanalisi, l'arte della "rottura" dei codici e dei cifrari. La scoperta e l'applicazione, agli inizi della crittoanalisi moderna, dell'analisi delle frequenze alla lettura delle comunicazioni cifrate ha qualche volta alterato il corso della storia. Così è stato, ad esempio, per il telegramma Zimmermann, che ha anticipato l'ingresso degli Stati Uniti d'America nel primo conflitto mondiale come anche per l'accesso alle informazioni cifrate delle truppe naziste da parte degli Alleati che ha accorciato, a detta degli esperti, la seconda guerra mondiale di un paio di anni.
Per Crittoanalisi (dal greco kryptós, "nascosto", e analýein, "scomporre") si intende lo studio dei metodi per ottenere il significato di informazioni cifrate senza avere accesso all'informazione segreta che è di solito richiesta per effettuare l'operazione. Tipicamente si tratta di trovare una chiave segreta. La crittoanalisi è la "controparte" della crittografia, vale a dire lo studio delle tecniche per occultare un messaggio, ed assieme formano la crittologia, la scienza delle scritture nascoste.
Per "crittoanalisi" ci si riferisce anche ad ogni tentativo di eludere la sicurezza di altri tipi algoritmi crittografici e protocolli crittografici. Anche se la crittoanalisi di solito esclude metodi di attacco che non sono diretti alle debolezze intrinseche al metodo da violare, come ad esempio la corruzione, la coercizione fisica, il furto, l'ingegneria sociale, questi tipi di attacco, spesso più produttivi della crittoanalisi tradizionale, ne sono comunque un'importante componente.
Anche se il fine è sempre lo stesso, i metodi e le tecniche di crittoanalisi sono drasticamente cambiate durante la storia della crittografia, adattandosi al continuo aumentare dell'efficienza della crittografia, iniziando dai metodi basati sulla carta e sulla penna del passato, passando per le macchine crittografiche come l'Enigma della seconda guerra mondiale, per arrivare agli schemi basati sui computer del presente. Insieme sono cambiati anche i risultati della crittoanalisi: non è più possibile ottenere un successo illimitato nella violazione dei codici e si stila perciò una graduatoria dei risultati conseguiti dagli attacchi. A metà degli anni settanta fu introdotta una nuova classe crittografica: la crittografia asimmetrica. I metodi per violare questa classe sono ben diversi da quelli utilizzati in passato e normalmente coinvolgono la risoluzione di problemi matematici altamente complessi, come la ben nota scomposizione in numeri primi.