Anche se spesso ritenuto come provocatorio, il nome "Madonna" non è solo un nome d'arte scelto dalla cantante per provocazione, in realtà è il suo nome di battesimo, ed era anche il nome di sua madre.
Nel 1989 il brano Like a Prayer e il suo video fecero molto scalpore tanto che papa Giovanni Paolo II rilasciò una dichiarazione dal Vaticano nella quale vietava a Madonna di apparire in Italia. Le controversie non fermarono il tour che approdò lo stesso in Italia. L'intero album venne poi censurato dallo stato vaticano.
Stephen Bray, ex fidanzato di Madonna e compagno nel gruppo Breakfast Club, nel 1997 pubblicò senza il consenso dell'artista un album intitolato Pre-Madonna (In the Beginning in Europa), contenente demo registrate tra il 1980 e il 1981, tra cui Everybody e Burning Up. Di fronte alla disapprovazione di Madonna per la pubblicazione dell'album, Bray si giustificò dicendo: «Non c'è nulla in queste registrazioni che potrebbe essere imbarazzante, e speravamo soltanto che le sarebbe piaciuto tanto quanto piace a noi.»
Nel 2012, durante la tappa a San Pietroburgo del MDNA Tour, ha difeso i componenti del gruppo Pussy Riot ed ha parlato della questione diritti lgbt in Russia, dove è stata approvata una legge contro la "promozione dell'omosessualità". A seguito di queste dichiarazioni la cantante è stata denunciata da alcuni gruppi nazionalisti proprio per violazione della suddetta legge.