Nell'aprile 2014, secondo quanto scritto dal settimanale ''[[L'Espresso]]'' il 4 aprile 2014, fu [[iscrizione della notizia di reato|iscritta nel registro degli indagati]] per [[associazione per delinquere|associazione a delinquere]] finalizzata alla commissione dei [[reato|reati]] di [[corruzione]], [[abuso d'ufficio]] e traffico illecito di virus. L'indagine avrebbe coinvolrocoinvolto in tutto 38 persone, tra cui il Direttore Generale dell'Istituto Zooprofilattico, Igino Andrighetto, il Direttore Sanitario Stefano Marangon, alti funzionari del Ministero della Salute tra cui Romano Marabelli, Gaetana Ferri ed Ugo Santucci, oltre al marito della Capua. Il settimanale l'Espresso riportariportò di una presunta cessione illecita di stipiti virali ad aziende farmaceutiche per la produzione di vaccini veterinari e sfruttamento illecito dei diritti del brevetto DIVA con la costituzione di un [[cartello]] di industrie farmaceutiche veterinarie per il controllo di [[epidemia|epidemie]] H7 nel [[pollame]] negli anni 1999-2006.<ref>[http://mattinopadova.gelocal.it/cronaca/2014/04/03/news/ilaria-capua-indagata-per-traffico-internazionale-di-virus-1.8976666 Il Mattino di Padova]</ref><ref>{{cita news|url=http://espresso.repubblica.it/attualita/2014/04/03/news/salute-quel-business-segreto-della-vendita-dei-virus-1.159618|titolo=Il business segreto della vendita dei virus che coinvolge aziende e trafficanti|editore=espresso.repubblica.it|autore=[[Lirio Abbate]]|data=3 aprile 2014|accesso=20 novembre 2017}}</ref>
Oltre a rigettare pubblicamente tutte le accuse, la stessa Capua [[querela|querelava]] per [[diffamazione]] a mezzo stampa il settimanale ''L'Espresso'', e in una lettera del 6 aprile 2014 al ''[[Corriere del Veneto]]'' dichiarava: "Le accuse false e sorprendenti che mi sono state mosse dal settimanale ''L'Espresso'' danneggiano la mia immagine e reputazione. Sono certa che sarò scagionata."<ref>{{Cita web
Riga 152:
}}</ref>
Dopo il trasferimento dell'inchiesta partita da [[Roma]] a tre procure del [[Veneto]],<ref>{{cita news|url=http://espresso.repubblica.it/attualita/2016/07/08/news/ilaria-capua-era-stata-interrogata-dal-pm-ecco-il-verbale-1.276821|titolo=Ilaria Capua era stata interrogata dal pubblico ministero. Ecco il verbale|editore=espresso.repubblica.it|autore=Renzo Mazzaro|data=8 luglio 2016|accesso=20 novembre 2017}}</ref> nel luglio del 2016 è statafu prosciolta dall'accusa di "traffico illecito di virus", nell'inchiesta della [[Procura della Repubblica|procura]] di [[Verona]], perché "il fatto non sussiste"<ref>{{Cita web |url=http://www.repubblica.it/cronaca/2016/07/05/news/verona_prosciolta_dalle_accuse_la_virologa_ilaria_capua-143511913/ |titolo=Verona, prosciolta dalle accuse la virologa Ilaria Capua |editore=[[Gruppo Editoriale L'Espresso]] |data=5 luglio 2016 |accesso=20 luglio 2016 |urlarchivio=https://web.archive.org/web/20160708200702/http://www.repubblica.it/cronaca/2016/07/05/news/verona_prosciolta_dalle_accuse_la_virologa_ilaria_capua-143511913/ |dataarchivio=8 luglio 2016 |urlmorto=no }}</ref><ref>Il Fatto Quotidiano, ''[https://www.ilfattoquotidiano.it/2016/07/06/traffico-illegale-di-virus-assolta-la-deputata-ilaria-capua-il-fatto-non-sussiste/2884795/ Traffico di virus, assolta la deputata Ilaria Capua: “Il fatto non sussiste”]''</ref>.
In seguito a questa vicenda, Ilaria Capua ha lasciatolasciò la Camera dei Deputati il 28 settembre 2016 e ha deciso di trasferirsi negli [[Stati Uniti]], dove ha accettato il ruolo di direttore di un centro di eccellenza all'[[Università della Florida]].<ref>http://www.ilsole24ore.com/art/notizie/2016-09-29/si-dimissioni-capua-scienziata-accusata-poi-prosciolta-064045.shtml?uuid=ADN4z0SB</ref>
Ad aprile 2018 il tribunale [[archiviazione|archiviava]] il procedimento per diffamazione a carico dell'autore dell'articolo ''L'Espresso''.<ref>{{cita news|url=http://espresso.repubblica.it/attualita/2018/04/10/news/ilaria-capua-nessuna-diffamazione-dell-espresso-1.320449?ref=HEF_RULLO|titolo=Su Ilaria Capua nessuna diffamazione dell'Espresso: lo ha stabilito il giudice|editore=espresso.repubblica.it|autore=Redazione|data=10 aprile 2018|accesso=11 aprile 2018}}</ref>
