Il club fu fondato nel 1992[1] col nome Homenetmen Yerevan.
Nella prima stagione del calcio nazionale vinse il titolo insieme al Širak. Cambiò nome in quello attuale prima dell'inizio del Bardsragujn chumb 1995-1996, stagione conclusa con il secondo titolo.[2] Fu la dominatrice assoluta degli anni duemila, quando vinse 10 titoli consecutivi tra il 2001 e il 2010.
Nel 2015 è ritornato a vincere il campionato a distanza di 3 anni d'insuccessi, centrando il double campionato-coppa nazionale. Grande protagonista è stato lo statunitense César Romero autore di 21 goal.
Nel 2021-2022 il campionato viene deciso solo negli ultimi turni e la squadra vince con un solo punto di vantaggio sulla seconda.
L'esordio in campo internazionale si ebbe nella Coppa UEFA 1996-1997, dove il club venne eliminato al primo turno (sconfitto al tempi supplementari) dal Helsingin Jalkapalloklubi. Partecipò ad undici edizioni della UEFA Champions League di cui dieci consecutive tra il 2002-2003 e il 2011-2012 raggiungendo come massimo traguardo il secondo turno preliminare. Nella stagione 2012-2013 venne eliminata al primo turno di UEFA Europa League.
Nel primo turno della UEFA Champions League 2022-2023 affronta la quotata squadra rumena del Cluj. All'andata riescono a pareggiare 0-0 mentre al ritorno vanno in svantaggio ma all' 89° riescono a pareggiare e andare ai supplementari. Durante i supplementari vanno nuovamente in svantaggio ma al 119° grazie al secondo gol di Gajìc della partita prolungano la sfida ai rigori in cui gli avversari sbagliano e gli armeni riescono così a passare il turno. Nel secondo turno affrontano i lussemburghesi del Dudelange, e dopo aver perso 1-0 l'andata rimontano nella gara di ritorno vincendo per 4-1. Il sogno s'interrompe però al turno successivo, perdendo con un 7-0 totale contro la Stella Rossa.
Tra il 20 novembre 2008 e il 5 giugno 2010 il Pyunik non ha mai perso in casa. Questo record è stato infranto a causa della sconfitta subita contro il Banants per 2-3.[4]
Blu, bianco
Armenia
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