Il club venne fondato nel 2004 come FM Spyris Kaunas ed iscritto al campionato di 2 Lyga, terza serie del campionato lituano di calcio. dopo aver cambiato denominazione in Aisčiai Kaunas per la stagione 2010, il club tornò al nome Spyris Kaunas nel 2011. Dopo aver disputato solo campionati di 2 Lyga, per la stagione 2013 venne ammesso in 1 Lyga, seconda serie nazionale, mentre per la stagione 2015 venne ammesso in A Lyga a completamento organici[1]. Concluse al quinto posto la stagione di esordio in massima serie e raggiunse le semifinali della coppa di Lituania 2014-2015, venendo eliminato dallo Žalgiris Vilnius. Prima dell'inizio della stagione 2016 cambiò denominazione in Kauno Žalgiris, dando seguito alla sua associazione con il Basketball Club Žalgiris, società di pallacanestro di Kaunas[2]. Nacque poi un contenzioso legale con lo Žalgiris Vilnius per l'uso di "Žalgiris" nella denominazione: una prima sentenza del tribunale aveva imposto al club di non usare la parola "Žalgiris" nelle sue attività, ma non venne applicata dallo stesso club[3]. Nel febbraio 2017 lo Žalgiris Vilnius presentò un ricorso al tribunale regionale di Vilnius chiedendo che la federazione lituana applicasse quanto stabilito dalla prima sentenza[4]. In campionato il club concluse all'ottavo ed ultimo posto la A Lyga 2016, venendo retrocesso in 1 Lyga, per poi venire riammesso in massima serie in sostituzione del neopromosso Šilas Kazlų Rūda[5]. Anche nel 2017 concluse all'ottavo ed ultimo posto, venendo retrocesso in 1 Lyga.
^(EN) Three New Teams to Feature in A Lyga 2015, su onenilup.com, 16 febbraio 2015. URL consultato il 10 dicembre 2017 (archiviato dall'url originale il 2 agosto 2016).
^(EN) Lithuania 2016, su rsssf.com, 9 marzo 2017. URL consultato il 10 dicembre 2017.
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