La stagione 2016-2017 dell'Olympiakos è la 63ª nel massimo campionato greco di pallacanestro, l'A1 Ethniki.
L'Olympiakos ha vinto la regular season del campionato, accedendo poi alla serie finale dei play-off dove è stato sconfitto in casa propria nella quinta e decisiva partita dal Panathīnaïkos.
In Eurolega si è qualificato per i play-off dove ha eliminato i turchi dell'Efes, accedendo alle final four dove ha battuto in semifinale il CSKA Mosca ma perdendo poi la finale contro il Fenerbahçe.