Inizia a muovere i primi passi, quale allenatore in seconda nel Gimnàstic e nel Pobla Mafumet, società di serie minore nel calcio spagnolo, e nella Dinamo Tbilisi dove nel 2020 arriva a guidare la prima squadra ad interim. Nella stagione 2020/21 guida il Watford alla promozione in Premier League, con la squadra in seconda posizione a 91 punti. La stagione in Premier League inizia in modo altalenante con la squadra in 14ª posizione dopo le prime sette giornate. Il 3 ottobre Munoz è sollevato dall’incarico ed è sostituito da Claudio Ranieri. Tre settimane dopo viene chiamato ad allenare l’Huesca in seconda serie spagnola.