Il club è stato fondato il 1º luglio 1900 da due inglesi e qualche studente di Wil. Il club portava il nome di FC Stella. Nel 1902 diventa FC Fors e solamente nel 1907 FC Wil. I primi anni del club sono stati pressoché insignificanti, giocando nei livelli inferiori del sistema calcistico svizzero. Fino al 1990 poterono vantare solo tre stagioni nella seconda divisione, la Challenge League, precisamente nel 1922/23, 1952/53 e 1953/54. Nel 1988 il club nominó Christian Gross come giocatore manager e, sotto la sua gestione, tra il 1988 ed il 1993, il club ottiene una doppia promozione, prima in terza divisione e poi in seconda.
Nel 2002 il club è stato promosso nella massima serie per la prima volta nella storia, terminando la prima avventura in Super League al 4º posto. Nel 2003 il club ha preso parte alle competizioni europea per la prima volta giocando nella Coppa Intertoto. Il club è arrivato al terzo turno prima di perdere contro il Nantes. Nel 2004 il club è stato retrocesso in Challenge League, riuscendo comunque ad ottenere il primo trofeo della loro storia, la Coppa Svizzera, battendo il Grasshoppers di Zurigo in finale.
Nel 2003 il presidente del club, il banchiere Andreas Hafen, venne accusato di avere sottratto 51 milioni di franchi svizzeri (40 milioni di dollari) dalla banca UBS e venne condannato ad una pena detentiva di cinque anni; dopo di lui il club venne conquistato dall'ex calciatore ucraino Igor Belanov. Il Wil è stato promosso nella Super League ed ha vinto la sua seconda Coppa di Svizzera, nuovamente contro il Grasshoppers, sotto la guida del primo allenatore assunto dal nuovo presidente, l'ucraino Aleksandr Zavarov. Da allora, sulla panchina del club si sedettero importanti allenatori, come Uli Forte ed Axel Thoma.
Nel novembre 2013 lo stadio del club, chiamato Stadion Bergholz, ha cambiato nome in IGP Arena per motivi di sponsorizzazione, fino al 2023. Nel luglio 2015, il Wil è stato rilevato dal gruppo MNG degli investitori turchi; tuttavia, dopo un coinvolgimento di 18 mesi con il team, improvvisamente i magnati si ritirarono nel gennaio 2017, lasciando il club a se stesso. Come risultato, si formó una colletta tra tifosi e dirigenti per salvare il club dalla bancarotta, con la missione di ridurre significativamente le spese esorbitanti introdotte dagli investitori. Roger Bigger, quindi, tornó come presidente per mettere ordine, dopo essersi dimesso in seguito all'arrivo degli investitori. Nonostante ciò, Bigger si dimise definitivamente nel novembre 2017, avendo guidato il club dal 2003. Di conseguenza, il club elesse un nuovo consiglio composto da membri con sede nella regione, impegnandosi a tornare alle origini, come squadra che si concentra sullo sviluppo e sulla promozione delle carriere di giovani talenti, stabilendosi saldamente nella Challenge League.
.svg){kind=small}
Bianco, nero
Svizzera
.svg){kind=small}
SFV/ASF
Murathan Doruk Günal
Brunello Iacopetta
Coppa Svizzera: 1
Stagione in corso
.svg){kind=small}
